การประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและการระบุพันธุ์กล้วยไม้สกุลก้านก่อด้วยลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน matK และ rbcL
Article Sidebar
Main Article Content
Abstract
Abstract
Phylogenetic trees of orchids in the genus Eria were constructed using nucleotide sequences of matK and rbcL genes. The datasets were analyzed by maximum likelihood method to study interspecific relationships and molecular identification of orchid in the genus Eria (30 species) using nucleotide sequences. Polymerase chain reaction (PCR) was used to amplify matK and rbcL gene fragments and after that the PCR products were sequenced. The nucleotide sequences were analyzed by ClustalW for multiple sequence alignment and phylogenetic tree were constructed by MEGA7. The phylogenetic tree constructed from nucleotide sequences of matK genes was effective for discrimination of each species, whereas the other from nucleotide sequences of rbcL gene revealed lower separating capability because of low rate of nucleotide substitution. However, result of combined sequences can be efficiently used for classification. However, this research information can be applied to taxonomic investigation, plant genetic conservation and breeding.
Keywords: orchid; Eria; genetic relationship; identification; matK; rbcL
Article Details
References
[2] วิชา ธิติประเสริฐ, 2543, คู่มือจำแนกกล้วยไม้ไทย (Manual for identification of Thai orchids), สำนักคุ้มครองพันธุ์พืชแห่งชาติ กรมวิชาการเกษตร, กรุงเทพฯ.
[3] อาภรณ์ อุดมศิลป์, ทวีโชค จำรัสฉาย, รัชภัทรโภชฌงค์ และวิเชียร พิพัฒน์มงคลสิน, 2552, กล้วยไม้ป่าเขตรักษาพันธุ์สัตว์ป่าภูหลวง, กองคุ้มครองพันธุ์สัตว์ป่าและพืชป่าตามอนุสัญญา กรมอุทยานแห่งชาติสัตว์ป่าและพันธุ์พืช, กรุงเทพฯ.
[4] วุฒิพงศ์ มหาคำ, 2554, DNA barcodes ของพืช : หลักการพื้นฐาน การประยุกต์ใช้ และข้อจำกัด, ว.พฤกษศาสตร์ไทย 1: 1-30.
[5] CBOL Plant working Group, 2009, A DNA barcode for land plants, Proc. Nat. Acad. Sci. USA. 106: 12794-12797.
[6] Doyle, J.J. and Doyle, J.L., 1978, A rapid DNA isolation procedure for small quantities of fresh leaf tissue, Phytochem. Bull. 19: 11-15.
[7] นฤมล ธนานันต์, วิภาวรรณ ประสิทธิ์ และธีระชัย ธนานันต์, 2555, การจำแนกข้าวพันธุ์ขาวดอกมะลิ 105 และพันธุ์ปรับปรุงจากพันธุ์ขาวดอกมะลิ 105 ด้วยเทคนิคแฮตอาร์เอพีดี, Thai J. Sci. Technol. 1: 169-188.
[8] Sambrook, J., Fritsch, E.F. and Maniatis, T., 1989, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, 2nd Ed., Cold Spring Harbor Laboratory, New York.
[9] Higgins, D., Thompson, J., Gibson, T., Thompson, J.D., Higgins, D.G. and Gibson, T.J., 1994, CLUSTAL W: Improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice, Nucl. Acids Res. 22: 4673-4680.
[10] Tamura, K., Stecher, G., Peterson, D., Filipski, A. and Kumar, S., 2013, MEGA7: Molecular evolutionary genetics analysis version 7.0, Mol. Biol. Evol. 30: 2725-2729.
[11] ธีระชัย ธนานันต์, 2553, พันธุศาสตร์โมเลกุล, พิมพ์ครั้งที่ 1, บริษัท แดเน็กซ์ อินเตอร์ คอร์ปอเรชั่น จำกัด, กรุงเทพฯ.
[12] นฤมล ธนานันต์, ฐิติพร โท้มโสภา และธีระชัย ธนานันต์, 2558, การจำแนกพันธุ์และการวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลหวายกลุ่มเอื้องสายโดยใช้ลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน matK และ rpoC1, ว.วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี 23: 1-10.
[13] นฤมล ธนานันต์, จินต์ ทองสม, ชนิตโชต ปิยพิทยานันต์ และธีระชัย ธนานันต์, 2559, การประเมินความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมและจำแนกชนิดของกล้วยไม้สกุลแวนด้าหมู่เข็มโดยใช้ลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน matK และ rpoC1, ว.วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี 24: 599-612.
[14] จินต์ ทองสม, ภัทรพร คุ้มภัย, ธีระชัย ธนานันต์ และนฤมล ธนานันต์, 2558, การวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลแวนด้าหมู่เข็มโดยใช้ลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน rbcL และชิ้นดีเอ็นเอที่อยู่ระหว่างยีน trnH กับ psbA, ว.วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี 23: 994-1005.
[15] นฤมล ธนานันต์, วริสรา แทนสง่า และธีระชัย ธนานันต์, 2557, การจำแนกพันธุ์และการวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สกุลกุหลาบด้วยลำดับนิวคลีโอไทด์ของตาแหน่งจำเพาะ, ว.วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี 22: 664-673.
[16] นฤมล ธนานันต์, เกียรติขัย แซ่ไต่ และธีระชัย ธนานันต์, 2557, การวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของกล้วยไม้สิงโตกลอกตาหมู่สิงโตสยามโดยใช้ลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีนจำเพาะ, ว.วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี 22: 523-530.
[17] นฤมล ธนานันต์, จาตุรงค์ สัมฤทธิ์ และธีระชัย ธนานันต์, 2557, การวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของข้าวมีสีโดยใช้ลำดับนิวคลีโอไทด์ของยีน rbcL และ rpoC1, ว.วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี 22: 674-682.
[18] ปิยดา บุสดี, ธีระชัย ธนานันต์ และนฤมล ธนานันต์, 2558, การจำแนกพันธุ์มะม่วงในประเทศไทยจากลำดับดีเอ็นเอของยีน rpoC1 และ rbcL, ว.วิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี 23: 983-993.
[19] จาตุรงค์ สัมฤทธิ์, ธีระชัย ธนานันต์ และนฤมล ธนานันต์, 2557, การจำแนกพันธุ์และการวิเคราะห์ความสัมพันธ์ทางพันธุกรรมของข้าวมีสีด้วยเทคนิคแฮตอาร์เอพีดีและไอเอสเอสอาร์, Thai J. Sci. Technol. 3: 113-122.